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疫情中发挥重要作用的「宏基因组测序」,在本季度获得资本追捧

时间:2020-05-18 18:31来源: 作者:

作者:许梦翘

基因测序技能在此次疫情中起到了至关重要的效果,我国科研单位在一个月之内敏捷发现了正确的致病病毒并完结测序,得到了 WHO「创纪录短的时刻」的赞赏。我国科学研讨者对病毒序列、变异、核酸检测手法的共享也为全世界应对 COVID-19 疫情带来了极有力的支撑。

在病毒检测过程中,一种测序技能取得了商场的广泛重视,这个技能便是宏基因组测序技能。宏基因组学,是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研讨目标,无需别离培育,直接提取环境样本的 DNA 进行高通量测序。关于临床而言,mNGS 能够精准的剖析患者样本悉数微生物,这一点关于感染性疾病的病原体研讨具有极高的运用价值。

尤其是在不知道流行症的病原体检测方面,传统的体液培育等检测办法全体功率、阳性率低下,PCR 检测也局限于已知的病原微生物基因序列,能够精准剖析病原体并能够高通量测序的 mNGS 具有强壮的优势。mNGS 的这两大优势也令其在这次新冠肺炎的病毒检测中发挥超卓。

一些是上市公司在此次疫情中选用了宏基因组测序技能,比方华大基因,该公司早在 2010 年便选用宏基因组测序这一新式测序手法对其时国内迸发的新布尼亚病毒。别的一家上市公司贝瑞基因在此次疫情中也研制的新式冠状病毒试剂盒,根据其第三代单分子测序技能渠道,也可一次完结 96 人份样品的病毒宏基因组测序。

宏基因组测序在一年多的时刻里也受到了本钱商场的广泛重视,疫情发作之后,全球宏基因组测序商场又有多家公司在本季度取得出资。



Karius

Karius 建立于 2014 年,是一家专心于微生物 mNGS 测序技能的公司。该公司 2 月 24 日宣告已取得软银愿景基金领投的 1.65 亿美元的 B 轮融资,General Catalyst 和 HBM 以及现有出资者 Khosla Ventures 和 LightSpeed Venture Partners 也参加了此次融资。


Karius 前史融资



该公司运用全主动设备处理标本,该设备能够从血浆中别离微生物无细胞核酸,运用特有工艺去除不必要的人类 DNA,然后对样本进行测序,并运用机器学习等手法对数十种实时数百万个数据点来辨认匹配项。这种核酸是病原微生物在血液中留下的「痕迹」,经过对这些痕迹进行测序,便能够剖分出感染的病原状况。该技能能够辨认和量化 1250 种临床相关的病原菌,包含细菌、真菌和寄生虫等。

2019 年 2 月 Karius 在 Nature Microbiology 宣告名为「Analytical and clinical validation of a microbial cell-free DNA sequencing test for infectious disease」的研讨成果。该研讨将 Karius 测验的成效与传统病原体检测手法进行了比照,成果标明 Karius 的根据 mcfDNA 宏基因组测序对病原体的辨认速率比一般血液培育快三倍,一起测验成果高度精确关于每微升血浆中仅奉献 50 个 cfDNA 片段的生物,剖析灵敏度就高达 95%以上,每种病原体的剖析特异性也高于 99.99%。


Karius 测验作业流程



杰毅生物

杰毅生物近来宣告完结近亿元人民币 Pre-A 轮融资,出资方包含比邻星创投、普华本钱和体外确诊资深工业人士等。资金将用于病原宏基因组 mNGS 相关设备及试剂盒的注册报证、检测服务网络建造等。

杰毅生物由贝瑞基因开创团队成员王珺博士和浙江大健康工业基金原合伙人钟杰先生一起建议建立,公司环绕基因修改和高通量测序两大前沿技能道路,自主研制了一系列病原宏基因组 mNGS 主动化检测仪器和研策试剂。

该公司在本年 2 月中旬与阿里云签定协作协议,将基因测序技能与 AI 技能穿插交融,全面研讨并推进病原微生物宏基因组在感染性疾病检测范畴的临床运用,使用云核算的优势下降流程时刻,进步数据剖析的速度。

疫情期间,杰毅生物完结了武汉金银潭医院本地化宏基因组测序中心的建立,该中心装备的 Illumina 高通量测序仪和杰毅生物自主研制的病原宏基因组一体化建库仪,可完结送检的样本放入生物安全柜中主动运转,将本来十几个小时的手工操作,缩短到 2 个小时全主动无人值守完结,再经过高通量测序进行检测,在 16.5 小时内,检测掩盖细菌、真菌等 16000 多种病原体。

予果生物

2020 年 2 月 25 日,予果生物完结来自北极光创投的天使轮出资,之后工业基金、金融机构对其继续注资,累计融资近亿元。本轮融资将用于开辟和教育商场、扩大团队、试剂盒报证以及继续投入更多新产品研制。

予果生物建立于 2017 年,专心于微生物核酸检测,专心于将宏基因组技能运用于病原感染确诊。该公司先后在北京、西安、广州、南京建立了微生物基因技能检测中心、医学检验所、交给中心。根据其自主研制的云端病原微生物数据剖析体系 PACE,予果生物可对脑脊液、血液、肺泡灌洗液、无菌体液、安排等临床样本进行病原微生物 DNA 及 RNA 序列测定,能够快速、精确、客观地检测出临床样本中的多种微生物,无需培育或特异性扩增。

现在予果生物已为全国超越 300 多家三甲医院供给临床检测、筛查、咨询服务。并且在运用宏基因组测序办法检测的样本量位居全球前列,样本总数居国内第二,其间脑脊液检丈量位列全球前二强。

除了流行症的运用场景之外,使用 mNGS 还能够对菌群进行菌株判定分型、耐药基因与毒力基因的检测,适用于抗感染医治、院内感染办理的评价。在越来越多的依据标明微生物对人体免疫体系能够产生影响,以及微生物菌群会参加到神经退行性疾病、糖尿病等疾病的发作开展傍边,微生物疗法取得了越来越多的重视,而 mNGS 未来也能够为人们深入剖析人体菌群微生态、研讨微生物疗法供给一种牢靠的技能手法。


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